2004 年复软科技与中国海军医学研究所建立长期合作伙伴关系，就中国海军的医疗信息化建设展开一系列的合作，共同推进中国海军的医疗信息化建设水平。经过一年多的工作，第一阶段《XXX舰海上医疗救护与后送信息管理系统》已于2005年10月底顺利完成，经正式实施后，获得了军方认可。
第二阶段《XXX医疗信息管理系统》将与2009年交付使用，该系统是由中国海军医学研究所与复软科技共同研发的一套海上医疗救护与后送系统。
系统将陆上的全套医院系统全面移植到医院船上，再根据医院船本身特色进行开发，使陆上医疗系统完全应用于医院船上。其最大特点即军民两用。
系统包含了基础设置、医疗救治、医技影像、手术、装备药材、血液管理、远程通信、组织指挥等10多个大类、30多个模块，广泛采用分布式处理模型，减少了对硬件设施的依赖性。在技术上该系统利用了最新的软件开发和数据库设计技术，是海军信息化、电子化发展趋势的体现。
复软科技技术人员在双方通力合作中所展示的技术研发能力以及良好的合作态度得到了中国海军医学研究所领导及相关人员的一致认可，同时对复软技术人员在双方合作过程中表现出来务实的工作态度表示非常满意。另一方面，这一年多来的合作对复软科技的研发人员也是一个很好的锻炼，提高了研发人员的业务水平，并在一定程度上是扩大了公司的影响力。
